Черепашки-ниндзя постепенно вступают в конфликт с кланом Фут. После того, как их убежище разрушено мышероботами Бакстера Стокмана, они находят новый дом в канализации и обретают союзников в лице Эйприл О’Нил и Кейси Джонса. Черепашки неоднократно срывают планы Шреддера, Хана и Стокмана, пока Шреддер не предлагает Леонардо перемирие и совместную борьбу с неизвестным злом. Сплинтер раскрывает причастность Шреддера и Хана к убийству своего учителя, Хамато Йоши, и начинается сражение, которое, казалось бы, заканчивается поражением Шреддера. Однако Шреддер выживает и, устроив засаду, тяжело ранит Леонардо, разрушает дом Эйприл и считает их погибшими. Но Черепашки, Сплинтер, Кейси и Эйприл выживают и уезжают на ферму семьи Кейси в сельской местности Нью-Йорка. Когда раны Леонардо заживают, а их решимость окрепнет, группа возвращается в Нью-Йорк, чтобы сразиться с кланом Фут. После победы над Шреддером Сплинтер исчезает. Следуя подсказке таинственной группы, известной как "Стражи", Черепашки обнаруживают Утромов, инопланетную расу, скрывающуюся среди людей, и не успевают спасти Сплинтера, прежде чем их телепортируют в космос.