As Tartarugas Ninja se veem teletransportadas para o planeta alienígena D'Hoonibb, onde imediatamente são arrastadas para uma guerra entre a República Triceraton e a Federação Galáctica. Elas acabam no planeta natal dos Triceratons e, após salvarem Honeycutt, são teletransportadas de volta à Terra pelos Utroms. Os alienígenas se revelam benevolentes e reúnem as Tartarugas com o Mestre Splinter. Após a derrota do Destruidor, uma guerra de gangues irrompe pela posse de seu antigo território, envolvendo o restante do Clã do Pé, Hun e os Dragões Púrpura, e a máfia de Nova York, auxiliada por Baxter Stockman. O Destruidor, para surpresa de todos, sobreviveu mais uma vez, e a lealdade de Karai a seu pai, em conflito com sua honra, torna-se um dilema crucial para ela.