Na terceira temporada de "Das Boot", uma tripulação inexperiente de submarino é enviada em uma missão perigosa e acaba na mira de um comandante obcecado da Marinha Real. Sob a liderança de Robert Ehrenberg (Franz Dinda), fortes laços pessoais se formam entre os tripulantes. O próprio Ehrenberg reencontra laços familiares que pensava ter perdido para sempre.
Enquanto isso, na Lisboa neutra, ponto de encontro de exilados, espiões e criminosos, Hagen Forster (Tom Wlaschiha) descobre um plano mortal para roubar ouro saqueado da guerra. Sua investigação também o leva a um homem envolvido em uma conspiração que pode mudar o curso da guerra para melhor: Klaus Hoffmann (Rick Okon).