Las Tortugas Ninja se ven teletransportadas al planeta alienígena D'Hoonibb, donde de inmediato se ven envueltas en una guerra entre la República Triceraton y la Federación Galáctica. Terminan en el planeta natal de los Triceraton, y tras rescatar a Honeycutt, los Utroms las teletransportan de vuelta a la Tierra. Los alienígenas se revelan como seres benevolentes y reúnen a las Tortugas con Splinter. Tras la derrota de Destructor, estalla una guerra entre bandas por el control de su territorio: el remanente del Clan del Pie, Hun y los Dragones Púrpuras, y la mafia de Nueva York, con la ayuda de Baxter Stockman. Se revela que Destructor ha sobrevivido una vez más, y la lealtad de Karai hacia su padre, en conflicto con su honor, se convierte en un dilema crucial para ella.