En el año 2030, a pesar de la creciente informatización y la sofisticación de las redes de información, la individualidad se vuelve compleja, y la "soledad" se transforma en "individualidad". En esta era, donde no todo está informatizado, se narran las actividades de la "Sección 9 de Seguridad Pública" (comúnmente conocida como "Ghost in the Shell"), una unidad de contrainteligencia independiente bajo el control directo del Ministerio del Interior, creada para combatir crímenes complejos. Mientras llevan a cabo una amplia variedad de misiones secretas, como la investigación de delitos cibernéticos, la disuasión y arresto de terroristas, la protección de personalidades importantes y la detección de corrupción, un nuevo incidente emerge.