Le Tartarughe Ninja si ritrovano teletrasportate sul pianeta alieno D'Hoonibb, dove vengono immediatamente coinvolte in una guerra tra la Repubblica dei Triceraton e la Federazione Galattica. Finiscono sul pianeta natale dei Triceraton e, dopo aver salvato Honeycutt, vengono teletrasportate di nuovo sulla Terra dagli Utrom. Gli alieni si rivelano benevoli e riuniscono le Tartarughe con Splinter. Sulla scia della sconfitta di Shredder, scoppia una guerra tra bande per il controllo del suo territorio: i resti del Clan del Piede, Hun e i Dragoni Purpurei, e la mafia di New York, aiutata da Baxter Stockman. Si scopre che Shredder è sopravvissuto ancora una volta, e la lealtà di Karai nei confronti del padre, in conflitto con il suo onore, diventa un dilemma cruciale per lei.